A Ecoendoscopia com punção é um procedimento indolor. Com um ecoendoscópio localizamos a lesão para estuda-la. Então  aplicamos uma agulha fina (calibre 0,7mm) dentro da lesão alvo. Com movimentos de vai-e-vem e de leque a agulha vai  escarificando a lesão e recolhendo minúsculos fragmentos no seu interior. A cada conjunto de passagens da agulha examinamos a olho nu a "qualidade" do material obtido até considera-lo adequado. O aparelho é removido e fixado em formol 10% onde pode permanecer por dias sem refrigeração (veja na foto ao lado abaixo).  O material é encaminhado ao laboratório para ser preparado em lâminas que são coradas e examinadas por um médico patologista especialmente treinado neste tipo de estudo. 

Como é feito após qualquer sedação duas horas depois do fim do procedimento o paciente vai para casa repousar.

Em torno de 5 dias temos o resultado da patologia. 

Em alguns casos é necessário testar adicionalmente o material com "IMH"  Imunohistoquímica  (processo de localizar antígenos  em tecidos através da ligação específica de anticorpos a antígenos no tecido biológico). A realização da IMH pode consumir até 20 dias.

Na maioria das vezes conseguimos o diagnóstico e o tratamento mais indicado pode ser iniciado.  Quando não conseguimos o diagnóstico o procedimento pode ser repetido até três vezes. Na nossa atual experiência nunca usamos as três vezes e em pouquíssimos casos (4%) realizamos um segundo procedimento de punção.